ストーリー
21XX年
人類が安全な地下都市で暮らす間、荒廃した地上を復興する「レプリロイド」たちの作業が順調に進んでいた。
しかし一方、「イレギュラー」と呼ばれる犯罪レプリロイドも激増しつつあった。
高性能レプリロイド・エックスは、イレギュラーを取り締まる公式組織「イレギュラーハンター」の精鋭部隊隊長として活躍してきたが、力で相手を押さえつけることに疑問を感じ、平和的解決の道を求めて第一線を退いてしまう。
彼が抜けて弱体化したイレギュラーハンターに代わり、非合法にイレギュラーを倒す自警集団「レッドアラート」が活動を始めた。
ある日、事件現場に急行したイレギュラーハンター・ゼロは、大型メカニロイドに追われている少年レプリロイド、アクセルと出会う。
彼は、イレギュラーハンターになるためにレッドアラートを脱走してきたと言うが、多くを語ろうとはしなかった。
そこへ、レッドアラートのリーダー、レッドが現れ、アクセルを引き渡すよう要求する。
しかし、本人の意思を無視して自由を奪うことは、ゼロには絶対に許されない。
こうして、一人のレプリロイドを巡り、「正義」の意味を巡って、イレギュラーハンター対レッドアラートの戦いが始まった！
キャラクター
エックス
主人公。
もと「イレギュラーハンター」第17精鋭部隊隊長。
めざましい活躍を続けてきたが、力で相手を押さえつけることに疑問を感じ、平和的な解決を求めて第一線を退いた。
ゼロ
特A級の凄腕ハンター。
もと第0特殊部隊隊長。
エックスとともに幾多の事件を解決してきた。
エックスの復活を信じ、一人でハンターを続けている。
アクセル
過去のデータが一切ない正体不明のレプリロイド。
相手の外見も性能もコピーする特殊能力を持っている。
自警集団レッドアラートを脱走しイレギュラーハンターに加わったが、そのため両組織の衝突を招いてしまう。
シグナス
イレギュラーハンター総指揮官。
エックス、ゼロ達とともに多くの事件を解決してきたためか、いっそう貫禄が増した。
しかし近年の事件で多くのイレギュラーハンターを失い、弱体化した組織で激増する犯罪に対処するため、いつも頭を悩ませている。
エイリア
ナビゲーター・レプリロイド。
ずば抜けた情報処理能力を持っており、ハンターベースから的確な指示で任務をバックアップしてくれる、ハンター達には無くてはならない存在。
レッド
レッドアラートのリーダー。
ならず者のバウンティ・ハンターを率いて、自らイレギュラーを処分していく。
【レッドアラートとは...？】
独自にイレギュラーを倒す謎の自警集団。
非合法組織だが、イレギュラーハンターが弱体化している今、一般のレプリロイドには一目置かれている。
フレイム・ハイエナード
コンビナートを乗っ取り、イレギュラーハンターを待ち伏せる。
巨大なガゼル型メカニロイドを操るほか、自らも3体に分身して敵を撹乱する。
バニシング・ガンガルン
地下トンネル内の兵器基地を根城にするバウンティ・ハンター。
まだ子供だが、強力なカンガルー型ライドアーマーを乗りこなすため、仲間にも一目置かれている。
ヘルライド・イノブスキー
夜のハイウェイを疾駆する暴走ハンター。
シールドでガードしながらの強烈な体当たりと、地を這うホイール爆弾でイレギュラーハンターたちを苦しめる。
トルネード・デボニオン
ラジオタワーを乗っ取り、その頂上でイレギュラーハンターたちを待つ。
電気を帯びた竜巻を操り、敵の自由を奪うことができる。
スプラッシュ・ウオフライ
放棄された大型戦艦に居座って、大海を暴れ回る。
得意のナギナタを振るって、間合いに入ったものは何でも両断してしまう。
スナイプ・アリクイック
自ら作り出した電子迷宮で、イレギュラーハンターたちを迷わせる。
長い舌で相手を捕獲し、自らの武器をパワーアップさせる不思議な能力を持つ。
ソルジャー・ストンコング
深いジャングルの奥に身を隠し、歴戦の勇者として正々堂々イレギュラーハンターたちを迎え撃つ！
超磁石で作られた剣と盾を装備し、すべての攻撃を跳ね返す。
ウィンド・カラスティング
巨大空中戦艦を拠点にする飛行レプリロイド。
かつてはアクセルの良きライバルだった。
自由に空中を飛び、素早い体当たりとブーメランで攻撃する。